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Resumen México es una región megadiversa con una historia geológica compleja, pero se desconoce el nivel de influencia de las barreras geográficas sobre las distribuciones de los peces dulceacuícolas. Este estudio examina las relaciones filogenéticas, a escala geográfica pequeña, de las especies del grupo de aletas cortas del subgénero Mollienesia (género Poecilia), un grupo de peces vivíparos ampliamente distribuidos en México. Se analizaron muestras de seis especies en más de 50 localidades, utilizando métodos filogenéticos y de redes de haplotipos, para evaluar la diversidad genética y precisar las distribuciones de especies en este grupo. Los resultados indican que las especies mexicanas se han diversificado a partir de múltiples invasiones independientes desde Mesoamérica. Se detectó estructura filogenética débil en dos especies distribuidas al norte del Eje Neovolcánico y una especie que atraviesa el Eje Neovolcánico, posiblemente debido a la ausencia de barreras fisiográficas, colonización reciente y altas tasas de dispersión entre regiones. En contraste, se detectaron niveles altos de estructura filogenética en tres especies distribuidas del Eje Neovolcánico, lo que refleja una presencia más prolongada en el área y la existencia de múltiples barreras fisiográficas que aislaron a las poblaciones. Este estudio identificó mecanismos que promueven la divergencia y la especiación, expandió el rango conocido de varias especies y resolvió incertidumbres taxonómicas de algunas poblaciones. 

microRNAs (miRNAs) are post‐transcriptional regulators of gene expression and can play an important role in modulating organismal development and physiology in response to environmental stress. However, the role of miRNAs in mediating adaptation to diverse environments in natural study systems remains largely unexplored. Here, we characterized miRNAs and their expression inPoecilia mexicana, a species of small fish that inhabits both normal streams and extreme environments in the form of springs rich in toxic hydrogen sulphide (H₂S). We found thatP. mexicanahas a similar number of miRNA genes as other teleosts. In addition, we identified a large population of mature miRNAs that were differentially expressed between locally adapted populations in contrasting habitats, indicating that miRNAs may contribute toP. mexicanaadaptation to sulphidic environments. In silico identification of differentially expressed miRNA‐mRNA pairs revealed, in the sulphidic environment, the downregulation of miRNAs predicted to target mRNAs involved in sulphide detoxification and cellular homeostasis, which are pathways essential for life in H₂S‐rich springs. In addition, we found that predicted targets of upregulated miRNAs act in the mitochondria (16.6% of predicted annotated targets), which is the main site of H₂S toxicity and detoxification, possibly modulating mitochondrial function. Together, the differential regulation of miRNAs between these natural populations suggests that miRNAs may be involved in H₂S adaptation by promoting functions needed for survival and reducing functions affected by H₂S. This study lays the groundwork for further research to directly demonstrate the role of miRNAs in adaptation to H₂S. Overall, this study provides a critical stepping‐stone towards a comprehensive understanding of the regulatory mechanisms underlying the adaptive variation in gene expression in a natural system.